Laboratorij za mikrobiologiju osnovan je 1956. godine u sastavu Zavoda za tehničku botaniku i mikroskopiju Tehničkog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Od 1980. god., nakon izdvajanja Prehrambeno-biotehnološkog fakulteta iz sastava Tehnološkog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu, nosi naziv Laboratorij za opću mikrobiologiju i mikrobiologiju namirnica. Praktična nastava u početku se izvodila u zajedničkim prostorima s Laboratorijem za tehničku mikrobiologiju i mikroskopiju Kemijsko-tehnološkog odjela Tehnološkog fakulteta u Zagrebu, Kršnjavoga 25., a nakon preseljenja u novu zgradu Fakulteta – 1961. god. u novouređenom i posebno opremljenom laboratoriju s 25 radnih mjesta.
Laboratorij je umrežen u kompjuterski sustav Fakulteta i opremljen sa studentskim mikroskopima, komorom za sterilan rad, istraživačkim mikroskopom i drugom opremom za mikrobiološka ispitivanja, a posjeduje i banku mikroorganizama.
Znanstveno-istraživački rad Laboratorija danas obuhvaća područje opće i primjenjene mikrobiologije: mikrobno kvarenje hrane i antimikrobnu aktivnosti prirodnih biokonzervansa u zaštiti hrane; mikrobiologiju voda; izolaciju i identifikaciju autohtone mikrobne populacije od sirovine do konačnog proizvoda; razvoj i karakterizaciju sojeva za primjenu u prehrambenoj i farmaceutskoj industriji; istraživanje mikotoksina; istraživanje potencijala autohtone mikrobne populacije u uvjetima klimatskih promjena; istraživanje antimikrobnog, antioksidacijskog potencijala biološki aktivnih spojeva gljiva i algi; zaštita kulturne baštine od mikrobne devastacije.
Istraživanja Laboratorija su rezultirala patentiranim rješenjima i uspješnom suradnjom s prehrambenom i farmaceutskom industrijom te s istraživačkim institutima.