Prehrambeno-biotehnološki fakultet sudjeluje u izvođenju međunarodnih studija Sveučilišta u Zagrebu i Sveučilišta u Orleanu, Francuska, iz područja Molekularne biotehnologije
Sveučilište u Zagrebu izvodi od 2009. godine zajednički diplomski studij Biotehnologije (“Bioindustrial Techniques”) sa Sveučilištem u Orleanu. Temelj za izvođenje zajedničkog studija je ugovor potpisan između dva sveučilišta koji uz osnovne odredbe međusobne suradnje sadrži i aneks sa studijskim programom. U studij se uključuje po 5 studenata studija Molekularne biotehnologije Prehrambeno-biotehnološkog fakulteta i 5 studenata studija Molekularne biologije Prirodoslovno-matematičkog fakulteta u Zagrebu. U slučaju da na jednom od fakulteta nema dovoljno zainteresiranih studenata kvotu mogu popuniti studenti drugog fakulteta. Studenti prvu godinu diplomskog studija slušaju po programu svojih matičnih fakulteta, a drugu po programu Sveučilišta u Orleanu. Predavanja druge godine izvode se većim dijelom u Zagrebu, tako da dio nastave održavaju nastavnici Prehrambeno-biotehnološkog i Prirodoslovno-matematičkog fakulteta, a dio nastavnici iz Orleana koji putem ERASMUS suradnje dolaze u Zagreb. Manji dio nastave (uglavnom laboratorijske vježbe za koje u Zagrebu ne postoji oprema) održava se tijekom prva 4 tjedna svake godine u Orleanu. Nakon toga studenti obavljaju stručnu praksu putem ERASMUS stipendija u trajanju od 5 mjeseci, većinom u Francuskoj (iako ne nužno u Orleanu). Stručna praksa ekvivalent je našeg diplomskog rada i brani se u Zagrebu početkom srpnja pred povjerenstvom sastavljenim od nastavnika oba sveučilišta (videokonferencijski). Promocija se održava također u Zagrebu uz nazočnost rektora Sveučilišta u Zagrebu, predstavnika predsjednika Sveučilišta u Orleanu i veleposlanika Francuske u Zagrebu. Studenti na promociji dobivaju i diplomu Sveučilišta u Orleanu i diplomu našeg Sveučilišta. Jezik studija je engleski, no studenti na početku prolaze skraćeni tečaj francuskog radi lakšeg snalaženja u Orleanu. Osobe koje se brinu o izvođenju studija su koordinatori, prof. dr. sc. Daniel Hagege u Orleanu, prof. dr. sc. Višnja Besendorfer na PMFu i prof. dr. sc. Vladimir Mrša na PBFu u Zagrebu.
Za zajednički studij mogu se prijaviti studenti prve godine studija Molekularna biotehnologija na natječaj koji PBF raspisuje u veljači svake godine. Sve informacije o zajedničkom studiju mogu se dobiti u Uredu za međunarodnu suradnju PBF-a.
U vremenu od 2005. do 2008. godine Prehrambeno-biotehnološki fakultet je putem TEMPUS programa CD-JEP–19068–2004 ustrojio međunarodni specijalistički studij Food Management. U prve dvije godine izvođenja nastavu su uglavnom održavali strani nastavnici, da bi kasnije nastavu preuzeli nastavnici našeg Fakulteta, no studij je zadržao karakteristike međunarodnog studija uz mogućnost upisa stranih studenata i izvođenja na engleskom jeziku.