Uz nastavnu i istraživačku djelatnost, Prehrambeno-biotehnološki fakultet posebnu pažnju posvećuje svojoj trećoj, komercijalnoj i civilnoj misiji i to posebice na sljedeće načine:
čime izravno doprinosi gospodarskome razvoju i razvoju civilnog društva.
Značajni dio djelatnosti PBF-a odnosi se na projekte s gospodarstvom (aktivni i prošli projekti) kao i umrežavanje i potporu kroz:
1. Biotehničku zakladu Prehrambeno-biotehnološkog fakulteta
2. Hrvatsko društvo prehrambenih tehnologa, biotehnologija i nutricionista (HDPBN)
3. Hrvatsko društvo za biotehnologiju
Sjedište Hrvatskog društva za biotehnologiju (HDB) i Hrvatskog društva prehrambenih tehnologa, biotehnologa i nutricionista (HDPBN) nalazi se na Prehrambeno-biotehnološkom fakultetu. Predsjednici obaju društava su nastavnici PBF-a, a nastavnici našeg Fakulteta čine i značajan udio članstva ovih dvaju društava i već niz godina zastupljeni su u njihovim upravnim i izvršnim tijelima. Putem tih društava ostvaruje se i veza s drugim srodnim društvima u Europi i svijetu jer je HDB član European Society of Biotechnology, a HDPBN je učlanjen u International Union of Food Science and Technology (IUFoST), European Union of Food Science and Technology (EFFoST), kao i američki Institute of Food Technologists (IFT).
Osim toga mnogi nastavnici PBF-a obavljaju ili su obavljali upravljačke dužnosti u drugim znanstvenim i znanstveno-stručnim društvima kao što su Hrvatsko mikrobiološko društvo, Hrvatsko društvo za biokemiju i molekularnu biologiju, Hrvatsko kemijsko društvo, Hrvatsko društvo kemijskih inženjera i tehnologa itd. Sva su ta društva učlanjena u odgovarajuća europska i svjetska udruženja putem kojih se ostvaruje raznovrsna međunarodna suradnja u kojoj aktivno sudjeluju i naši nastavnici.
PBF je Odlukom Fakultetskog vijeća od 25. veljače 2016. osnovao Gospodarski savjet PBF-a.