Program se temelji na stjecanju znanja iz biokemije, primjenjene biologije i mikrobiologije, mikrobne genetike, mikrobne fiziologije, mikrobiologije namirnica i genotoksikologije.
Diplomski studij molekularna biotehnologija koncepcijski odgovara studijima moderne biotehnologije na staničnom nivou. Takvi se studiji često susreću na sveučilištima u svijetu i kao studijski smjer održava se i po starim programima pod nazivom biokemijsko–mikrobiološki, a u okviru novih programa organiziran je kao samostalan studij zbog potrebe biotehnološke industrije koja zahtijeva stručnjake takvog profila.Nadalje, velika je potražnja visokoobrazovanih stručnjaka za rad u mikrobiološkim, biokemijskim i imunološkim laboratorijima u industriji i u istraživačkim institutima, budući da nema sličnog studija u Hrvatskoj.
Voditelj studija: izv.prof.dr.sc. Ivan-Krešimir Svetec
Studentima Prehrambeno-biotehnološkog fakulteta, diplomskog studijskog programa Molekularne biotehnologije i studentima Prirodoslovno-matematičkog fakulteta, diplomskog studijskog programa Molekularne biologije koji su na prvoj godini diplomskog studija izvršili sve predviđene obaveze i sakupili ukupno najmanje 60 ECTS bodova te upisali drugu godinu diplomskog studija pruža se mogućnost nastavka studija na renomiranom francuskom Sveučilištu u Orleansu, nedaleko Pariza.