Bioinformatika industrijskih mikroorganizama

Opis predmeta

SADRŽAJ PREDMETA

Informatičke osnove sekvenciranja genoma prokariota. Informatičke osnove sekvenciranja genoma eukariota. Primjeri industrijskih organizama sa sekvenciranim genomima (Bacillus subtilis, Lactococcus lactis, Streptomyces coelicolor, Aspergillus nidulans, Saccharomyces cerevisiae). Sekvencije gena ili genskih nakupina biosintetskih puteva industrijski važnih proizvoda. Informatičke osnove komparativne i funkcionalne analize svih gena prisutnih u stanici (genomika). Informatičke osnove analize svih proteina prisutnih u stanici (proteom, transkriptom i metabolom). Uloga sekvencija RNA u taksonomiji. Molekularni pristup biologiji evolucije (filogenetičke analize). Bioinformatika i otkriće novih lijekova. Genska terapija. Zaključci i perspektive.

ISHODI UČENJA

• Navesti glavne proteomske baze podataka.
• Demonstrirati funkcionalnu anotaciju proteina.
• Usporediti proteome odabranih industrijskih mikroorganizama.
• Kategorizirati proteine prema odgovarajućim proteinskim porodicama.
• Diskutirati pojmove proteomika i funkcionalna genomika.
• Definirati pojam filogenije.
• Diskutirati današnji model organizacije biološkog znanja u vidu "drva života".

Nastava

Predavanja: 10 sati

Seminari: 10 sati

Literatura

1. Bioinformatics in microbial biotechnology – a mini review. Arvind K Bansal Microb Cell Fact. 2005; 4: 19.  doi: 10.1186/1475-2859-4-19
2. Computational methods for understanding bacterial and archaeal genomes, Ying Xu , J. Peter Gogarten , Imperial College Press, 2008 ISBN-10: 1860949827