Primijenjena proteomika

Opis predmeta

SADRŽAJ PREDMETA

Odnos između strukture i funkcije proteina. Proteom kao skup svih proteina koje jedan organizam ili stanični sustav može proizvesti. Općenito o proteomici kao amalgamu visoko-učinkovitih tehnologija koja omogućuje uvid u proteom. Glavne metode izučavanja proteina sa naglaskom na primjenu spektrometrije masa kao kvalitativnom i kvantitativnom standardu u proteomici. Iščitavanje aminokiselinskog slijeda u peptidima analizom masenih spektara.  Primjena proteomike u ispitivanju funkcionalnosti probiotičkih sojeva i virulentnosti patogenih sojeva kao uzročnika bolesti. Osnovni koncepti bioinformatičke obrade podataka dobivenih detekcijom i kvantifikacijom proteina sa krajnjim ciljem određivanja patogena na razini vrste i soja, odnosno određivanja probiotika na razini vrste i soja.

ISHODI UČENJA

• Navesti najčešće upotrebljavane algoritme u in silico proteomici.
• Diskutirati pojmove de novo i modeliranja proteina i modeliranja proteina na osnovu sličnosti.
• Demonstrirati pravilnu uporabu HMM i PSI BLAST pretraga za određivanje udaljenih homologija među proteinskim porodicama.
• Diskutirati razliku između PAM i BLOSSUM matrica.
• Diskutirati metode sekvencioniranja peptida.
• Generalizirati metodu „peptide mass fingerprinting“.
• Analizirati MS2 spektre peptida.
• Locirati "b" i "y"seriju iona u MS2 spektru peptida nastalom nakon digestije tripsinom te iščitati aminokiselinski slijed. 

Nastava

Predavanja: 10 sati

Seminari: 10 sati

Literatura

1. Mass Spectrometry-based proteomics. Ruedi Aebersold and Matthias Mann; Nature 422, 198-207 (13 March 2003). DOI:10.1038/nature01511
2. Proteomics by Mass Spectrometry: Approaches, Advances, and Applications. John R. Yates, Cristian I. Ruse, and Aleksey Nakorchevsky; Annual Review of Biomedical Engineering, Vol. 11: 49-79. DOI: 10.1146/annurev-bioeng-061008-124934
3. Mass spectrometry in proteomics. Ruedi Aebersold and David R. Goodlett; Chemical reviews 101.2 (2001): 269-296. DOI:10.1021/cr990076h