Mikrobna ekologija

Nositelj

prof.dr.sc. Blaženka Kos

Suradnici

prof.dr.sc. Jasna Novak

izv.prof.dr.sc. Andreja Leboš Pavunc

dr.sc. Martina Banić

dr.sc. Katarina Butorac

ECTS bodovi:
3

Studij:
diplomski

Šifra predmeta:
166959

Opis predmeta

SADRŽAJ PREDMETA

1. Mikrobne interakcije unutar združenih mikrobnih zajednica

P: Temeljni principi mikrobne ekologije. Interakcije u združenim mikrobnim zajednicama usne šupljine, urogenitalnog i gastrointestinalnog trakta. Kategorije međusobnih odnosa mikroorganizama u mikrobnim zajednicama usne šupljine, urogenitalnog i gastrointestinalnog trakta. Quorum sensing sustavi. Mikrobni biofilmovi. Primjena mikrobnih biofilmova u biotehnološkim procesima
S: Mikrobne interakcije u različitim okolišnim uvjetima i identifikacija interakcijskih mehanizama.
V:Karakterizacija svojstava površine bakterijskih stanica - Mikrobna adhezija na otapala (MATS)

2. Suvremeni pristupi istraživanjima mikrobnih zajednica

P: Primjena molekularnih metoda u istraživanju bioraznolikosti mikrobnih zajednica. Autekologija i sinekologija – dva osnovna pristupa istraživanju mikrobnih zajednica. In vitro kemostat i kontinuirani modeli gastrointestinalnog trakta.
S: Primjena PCR-DGGE u istraživanju bioraznolikosti mikrobnih zajednica.
V: Izolacija ukupne DNA iz mješovite mikrobne populacije ekosustava. Identifikacija pojedinačnih bakterijskih sojeva iz mješovite kulture sekvencioniranjem 16S rRNA gena i sekvencioniranje metagenoma.

3. Mikrobna ekologija usne šupljine, urogenitalnog gastrointestinalnog trakta

P: Mikrobna ekologija gastrointestinalnog sustava. Metaboličke interakcije u gastrointestinalnom sustavu. Mikrobna ekologija usne šupljine. Mikrobna ekologija urogenitalnog trakta.
S: Mikrobna ekologija usne šupljine, urogenitalnog i gastrointestinalnog trakta
V: Formiranje biofilma: adhezija bakterijskih stanica na polistiren i na glikoprotein mucin.

ISHODI UČENJA

argumentirati razloge primjene biofilmova u biotehnološkim procesima u odnosu na planktonski (pojedinačni) rast mikrobnih stanica
obrazložiti multistanične obrambene mehanizme odgovorne za otpornost (rezistenciju) biofilmova na stresne okolišne uvjete
obrazložiti primjenu sekvencioniranja 16S rRNA gena i PCR-DGGE, kao molekularnih pristupa neovisnih o kultivaciji, u definiranju sastava, genetičkog potencijala i funkcionalnosti mikrobnih zajednica
procijeniti potencijal primjene „quorum sensing“ sustava u biotehnologiji
skicirati moguće modele adhezije bakterijskih stanica na crijevni epitel
usporediti i vrednovati autekološki i sinekološki pristup u istraživanjima ekologije mikrobnih zajednica
usporediti i vrednovati in vitro kemostat i kontinuirane modele gastrointestinalnog trakta
provesti identifikaciju pojedinih mikroorganizama u združenoj mikrobnoj zajednici primjenom sekvencioniranja 16S rRNA gena
provesti metodu ispitivanja nastajanja biofilma

Nastava

Vrste nastave		sati
oznaka	naziv	sati
P	Predavanja	22
A	Auditorne vježbe
L	Laboratorijske vježbe	5
PK	Vježbe u praktikumu
S	Seminar	5
T	Terenske vježbe

Nastavni materijali [1]

Naziv datoteke	Veličina	Ubačeno/mijenjano
Mikrobna ekologija, interna skripta	5,60 MB	02.09.2022. 17:05

Obavijesti [0]

Naziv datoteke	Veličina	Ubačeno/mijenjano

Literatura

Obvezna literatura:

J. Šušković, B. Kos, J. Novak: Mikrobna ekologija (Interna skripta) Prehrambeno-biotehnološki fakultet Sveučilišta u Zagrebu.

iz „Priručnika za vježbe iz opće mikrobiologije“ (izdavač: Hrvatsko mikrobiološko društvo, 2016, ur. Danko Hajsig i Frane Delaš,Poglavlje "Mikrobni biofilm" (J. Šušković, B. Kos, J. Novak). str. 157-162.

J. Šušković, B. Kos, J. Novak, K. Uroić, A. Leboš Pavunc: Mikrobna ekologija, Laboratorijske vježbe (Interna skripta ) Prehrambeno-biotehnološki fakultet Sveučilišta u Zagrebu.

Popis priručnika:

red. broj	Naziv
1.	D.J.Vaun McArthur: Microbial Ecology: an evolutionary approach, Elsevier, Amsterdam (2006).
2.	E. Tsakalidou, K. Papadimitriou: Stress responses of lactic acid bacteria, Springer, New York (2011).
3.	R. Fuller, G. Perdigon: Gut flora nutrition, immunity and health, Blackwell Publishing, Oxford (2003).