Programiranje u bioinformatici

en hr
Šifra:
53272
ECTS:
2.0
Nositelji:
izv. prof. dr. sc. Janko Diminić
Izvođači:
izv. prof. dr. sc. Janko Diminić - Vježbe u praktikumu

izv. prof. dr. sc. Janko Diminić - Seminar

prof. dr. sc. Antonio Starčević - Predavanja
Prijava ispita:
Opterećenje:
1. komponenta
Vrsta nastave Ukupno
Predavanja 10
Seminar 5
Vježbe u praktikumu 10
* Opterećenje je izraženo u školskim satima (1 školski sat = 45 minuta)
Opis predmeta:
Ciljevi
Kroz ovaj kolegij studenti bi se trebali upoznati sa računalnim vještinama i načinima rješavanja bioinformatičkih zadataka upotrebom računalnog jezika Python te razvoj vlastitih algoritama uz pomoć Jupyter Notebook razvojnog okruženja.

Sažetak
Informatičke vještine danas su vrlo tražene prilikom bioloških istraživanja. Programiranje je postalo nova važna laboratorijska disciplina. Programski jezik Python omogućava brzo pisanje programa, a biološki zadaci se in silico rješavaju upotrebom gotovih biblioteka (npr. BioPython) koje se upotrebljavaju u bioinformatici. Uobičajni zadaci su: operacije sa sekvencijama DNA i proteina, programiranje prevođenja sekvencije DNA u sekvenciju proteina, rukovanje s velikim količinama podataka, kreiranje bioloških baza podataka i drugo.
Ishodi učenja:
Literatura:
Preporučena literatura:
  1. Python for Bioinformatics (Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology), Python for Bioinformatics (Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology) ISBN-978-1138035263, Sebastián Bassi, , .
1. semestar
Molekularna biotehnologija - A1 - Redovni studij - Molekularna biotehnologija
Izborni predmet - Redovni studij - Molekularna biotehnologija
3. semestar
Bioprocesno inženjerstvo - B1 - Redovni studij - Bioprocesno inženjerstvo
Izborni predmet - Redovni studij - Bioprocesno inženjerstvo
Molekularna biotehnologija - A1 - Redovni studij - Molekularna biotehnologija
Izborni predmet - Redovni studij - Molekularna biotehnologija
Prehrambeno inženjerstvo - B1 - Redovni studij - Prehrambeno inženjerstvo
Izborni predmet - Redovni studij - Prehrambeno inženjerstvo
Upravljanje sigurnošću hrane - B1 - Redovni studij - Upravljanje sigurnošću hrane
Izborni predmet - Redovni studij - Upravljanje sigurnošću hrane
Termini konzultacija: