Laboratorij je osnovan 1956. kao Zavod za analitičku kemiju u sastavu Prehrambeno-tehnološkog odsjeka Tehnološkog fakulteta. Od osnivanja Prehrambeno-biotehnološkog fakulteta 1979. godine, Laboratorij za analitičku kemiju djeluje kao samostalna znanstveno-nastavna jedinica u sastavu Zavoda za kemiju i biokemiju.

Nastava se u početku održavala na više lokacija, između ostalih u tvornici Marijan Badel te Laboratoriju za analitičku kemiju Rudarskog odsjeka Tehnološkog fakulteta. Tadašnjem Zavodu za analitičku kemiju dodijeljen je 1963. godine novi prostor (ukupne površine od 380 m2) izgradnjom nove zgrade Tehnološkog fakulteta i Rudarsko-geološko-naftnog fakulteta u Pierottijevoj 6.