Laboratorij za procesno-prehrambeno inženjerstvo razvio se iz Zavoda za opću kemijsku i prehrambenu tehnologiju tadašnjeg Tehnološkog fakulteta, a prvobitno je nosio naziv Laboratorij za opću tehnologiju živežnih namirnica. Prvi pročelnik Laboratorija bio je prof. dr. sc. Božidar Rogina, koji je držao nastavu od ak. godine 1956./57. do 1964./65., kada vodstvo preuzima prof. dr. sc. Ivo Milostić.
Godine 1978. Laboratorij mijenja ime u današnji naziv, a pročelnik postaje prof. dr. sc. Tomislav Lovrić koji uvodi kolegij «Osnovni procesi u prehrambenoj industriji». Od 1991. godine pročelnica Laboratorija postaje prof. dr. sc. Vesna Hegedušić (Lelas). Tijekom tog razdoblja Laboratorij značajno razvija nastavni plan, uvodeći kolegije poput «Procesa u prehrambenoj industriji s osnovama prehrambenog inženjerstva» te «Procesa pripreme hrane».
Uvođenjem Bolonjskog procesa ak. godine 2005./06., nastavnici Laboratorija postaju nositelji brojnih novih kolegija na preddiplomskim, diplomskim i doktorskim studijima. Od listopada 2013. godine dužnost pročelnika obnaša prof. dr. sc. Zoran Herceg, koji je zaslužan i za uvođenje kolegija Prehrambeno-procesno inženjerstvo 1 i 2.