Zavod za biokemijsko inženjerstvo vuče porijeklo od Zavoda za tehničku mikroskopiju i tehničku mikrobiologiju na Tehničkom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu. Od osnutka Katedre za biotehnologiju 1961. godine, koja je sačinjavala jezgru Biotehnološkog odjela, Zavod se razvio u suvremenu jedinicu Prehrambeno-biotehnološkog fakulteta koja danas objedinjuje pet laboratorija i jedan kabinet usmjerenih na razvoj bioprocesa i primjenu mikroorganizama u industriji.
Povijesno utemeljena na pionirskom radu profesora Bogdana Varićaka i profesorice Vere Johanides, nastava Zavoda danas obuhvaća temeljne i primijenjene discipline biotehnologije:
Istraživački rad usmjeren je na inovacije u bioprocesnom inženjerstvu i genetici:
Zavod kroz svoju dugogodišnju povijest kontinuirano surađuje s industrijom, nastavljajući tradiciju započetu na Tehnološkom fakultetu, te provodi znanstvena istraživanja koja čine okosnicu razvoja biotehnologije u Hrvatskoj.
