Laboratorij je osnovan 1956. godine u sastavu Zavoda za analitiku živežnih namirnica Prehrambeno-tehnološkog odsjeka, Kemijsko-prehrambeno-rudarskog fakulteta. Smješten je u prostorijama Farmaceutskog fakulteta u Domagojevoj ulici sve do 1962. godine kada se seli u novu zgradu Tehnološkog fakulteta u Pierottijevoj 6. Prehrambeno-tehnološki odsjek šk.god. 1961/62. mjenja naziv u Biotehnološki odjel, fakultet postaje Tehnološki fakultet, a Zavod postaje Katedra za kemiju prehrane s analitikom. Reorganizacijom Tehnološkog fakulteta 1979. god nastaje OOUR Prehrambeno-biotehnološki fakultet unutar RO Prehrambeno-biotehnološki institut. Godine 1985. institut se transformira u 2 OOUR-a od kojih je jedan Prehrambeno-biotehnološki fakultet sa Zavodom za poznavanje i kontrolu kvalitete namirnica u sklopu kojeg je i Laboratorij za analitiku namirnica i prehranu koji od tada nosi naziv Laboratorij za kontrolu kvalitete u prehrambenoj industriji.