Laboratorij za termodinamiku postao je samostalna ustrojbena jedinica 2002. godine pod vodstvom prof. dr. sc. Damira Ježeka. Prije osamostaljenja, nastavu iz termodinamike desetljećima su oblikovali vanjski suradnici s FSB-a te istaknuti profesori poput Ive Kolina i Dubravke Krišković.

Povijest laboratorija obilježena je stalnim razvojem nastavnih materijala i prilagodbom kolegija potrebama prehrambenih tehnologa. Danas, pod vodstvom prof. dr. sc. Mladena Brnčića (od 2011. godine), laboratorij spaja temeljna znanja termodinamike s najnovijim tehnološkim trendovima u prehrambenoj industriji.

Znanstveno-istraživački rad, uz klasične toplinske procese, fokusiran je na primjenu novih netoplinskih tehnologija. Poseban naglasak stavljen je na primjenu ultrazvučne tehnologije u procesima sušenja, ekstrakcije i homogenizacije, kao i na inovativnu obradu biootpada i sporednih proizvoda prehrambene industrije.