Mikrobna ekologija

ECTS bodovi:
3

Studij:
diplomski

Šifra predmeta:
166959

Opis predmeta

SADRŽAJ PREDMETA

1. Mikrobne interakcije unutar združenih mikrobnih zajednica

  • P: Temeljni principi mikrobne ekologije. Interakcije u združenim mikrobnim zajednicama usne šupljine, urogenitalnog i gastrointestinalnog trakta. Kategorije međusobnih odnosa mikroorganizama u mikrobnim zajednicama usne šupljine, urogenitalnog i gastrointestinalnog trakta. Quorum sensing sustavi. Mikrobni biofilmovi. Primjena mikrobnih biofilmova u biotehnološkim procesima
  • S: Mikrobne interakcije u različitim okolišnim uvjetima i identifikacija interakcijskih mehanizama.
  • V:Karakterizacija svojstava površine bakterijskih stanica - Mikrobna adhezija na otapala (MATS)               

2. Suvremeni pristupi istraživanjima mikrobnih zajednica   

  • P: Primjena molekularnih metoda u istraživanju bioraznolikosti mikrobnih zajednica. Autekologija i sinekologija – dva osnovna pristupa istraživanju mikrobnih zajednica. In vitro kemostat i kontinuirani modeli gastrointestinalnog trakta.
  • S: Primjena PCR-DGGE u istraživanju bioraznolikosti mikrobnih zajednica.
  • V: Izolacija ukupne DNA iz mješovite mikrobne populacije ekosustava. Identifikacija pojedinačnih bakterijskih sojeva iz mješovite kulture sekvencioniranjem 16S rRNA gena i sekvencioniranje metagenoma.    

3. Mikrobna ekologija usne šupljine, urogenitalnog gastrointestinalnog trakta           

  • P: Mikrobna ekologija gastrointestinalnog sustava. Metaboličke interakcije u gastrointestinalnom sustavu. Mikrobna ekologija usne šupljine. Mikrobna ekologija urogenitalnog trakta.
  • S: Mikrobna ekologija usne šupljine, urogenitalnog i gastrointestinalnog trakta
  • V: Formiranje biofilma: adhezija bakterijskih stanica na polistiren i na glikoprotein mucin.

ISHODI UČENJA

  • argumentirati razloge primjene biofilmova u biotehnološkim procesima u odnosu na planktonski (pojedinačni) rast mikrobnih stanica
  • obrazložiti multistanične obrambene mehanizme odgovorne za otpornost (rezistenciju) biofilmova na stresne okolišne uvjete
  • obrazložiti primjenu sekvencioniranja 16S rRNA gena i PCR-DGGE, kao molekularnih pristupa neovisnih o kultivaciji, u definiranju sastava, genetičkog potencijala i funkcionalnosti mikrobnih zajednica
  • procijeniti potencijal primjene „quorum sensing“ sustava u biotehnologiji
  • skicirati moguće modele adhezije bakterijskih stanica na crijevni epitel
  • usporediti i vrednovati autekološki i sinekološki pristup u istraživanjima ekologije mikrobnih zajednica           
  • usporediti i vrednovati in vitro kemostat i kontinuirane modele gastrointestinalnog trakta
  • provesti identifikaciju pojedinih mikroorganizama u združenoj mikrobnoj zajednici primjenom sekvencioniranja 16S rRNA gena
  • provesti metodu ispitivanja nastajanja biofilma

Nastava

Vrste nastave sati
oznaka naziv
P Predavanja 22
A Auditorne vježbe  
L Laboratorijske vježbe 5
PK Vježbe u praktikumu  
S Seminar 5
T Terenske vježbe  

Nastavni materijali [1]

Naziv datoteke Veličina Ubačeno/mijenjano  
Broj preuzimanja: 219  Mikrobna ekologija, interna skripta 5,60 MB 03.11.2017. 09:23

Obavijesti [0]

Naziv datoteke Veličina Ubačeno/mijenjano  

Literatura

 Obvezna literatura:

J. Šušković, B. Kos, J. Novak: Mikrobna ekologija (Interna skripta) Prehrambeno-biotehnološki fakultet Sveučilišta u Zagrebu.
 iz „Priručnika za vježbe iz opće mikrobiologije“ (izdavač: Hrvatsko mikrobiološko društvo, 2016, ur. Danko Hajsig i Frane Delaš,Poglavlje "Mikrobni biofilm" (J. Šušković, B. Kos, J. Novak). str. 157-162.
J. Šušković, B. Kos, J. Novak, K. Uroić, A. Leboš Pavunc: Mikrobna ekologija, Laboratorijske vježbe (Interna skripta ) Prehrambeno-biotehnološki fakultet Sveučilišta u Zagrebu.

Popis priručnika:

red. broj Naziv
1. D.J.Vaun McArthur: Microbial Ecology: an evolutionary approach, Elsevier, Amsterdam (2006).
2. E. Tsakalidou, K. Papadimitriou: Stress responses of lactic acid bacteria, Springer, New York (2011).
3. R. Fuller, G. Perdigon: Gut flora nutrition, immunity and health, Blackwell Publishing, Oxford (2003).